Sérkennsluteymi skólans vinnur markvisst með þeim börnum sem mest þurfa mest á því að halda og eftir gagnasöfnun og þarfagreiningu er útbúin einstaklingsnámskrá fyrir börnin sem allt teymið fylgir eftir í vinnu, allir aðilar innan teymisins þekkja börnin sem fá sérkennslu.
Sérkennsla á Naustatjörn á sér bæði stað inni á deildum í litlum hópum en einnig í daglegu starfi þar sem börn læra m.a. sjálfshjálp, sjálfstæði og félagsfærni. Teymið hefur einnig til afnota herbergi sem það grípur til þegar mat teymis er að ekki sé unnt að kenna barni á fullnægjandi hátt inni á deild eða innan um önnur börn. Í þessum tilvikum skiptir ró og næði barnið miklu máli.
Teymið veitir jafnframt stuðning og ráðgjöf til kennara og foreldra og reglulega eru haldnir fundir til þess að samræma vinnubrögð.
Stjórnandi sérkennsluteymisins er Helena sérkennslustjóri , hún hefur umsjón með sérkennslu skólans, heldur teymisfundi, heldur utan um sérkennslutíma og situr fundi með Barnavernd. Teymið samanstendur af þeim aðilum sem koma að sérkennslu á einhvern hátt innan skólans en þeir eru
Helena Rós iðjuþjálfi,- Sérkennslustjóri
Írís Harpa Iðjuþjálfi
Jóhanna þroskaþjálfi
Elísabet leikskólakennari
Eydís bs. í sálfræði
Kristbjörg leikskólakennari
Aðalheiður leikskólakennari